Sobre la fuente es cosa del cleartype.
Windows intenta aplicar un fundido al texto, pero al ser pequeño, lo destroza.
Hay varias formas de solucionarlo.
Se puede reemplazar el rpg_rt por otro o abrirlo con un editor hexadecimal, el fix es:
Con hxd por ejemplo, buscas MS,
verás ms_gothic y ms_mincho.
Tras los nombres habrá valores 20 (espacios) que deben ser 00.
Aquí hay más gente con ese problema.
https://comunidad.rpgmaker.es/d/20697-el-texto-no-se-lee-bien-2k
El rpg maker 2003 de steam se ve bien, al menos en w7 que yo uso.
En w10 otro cantar posiblemente, en xp se veían bien sin modificar nada recuerdo.