WALUIGI-WARE1234 es que en la carpeta de RPG Maker 2003 no hay ningún RPG_RT.exe, sino que hay un RPG_RT.exe.dat, que no es el mismo nombre y por eso no te apareció ningún mensaje de error. Es lo que mencionaba algunos mensajes atrás, está el mismo exe pero renombrado, y lo usan como plantilla para nuevos proyectos.
Sin embargo, en la carpeta de tu proyecto, que es algo aparte, sí se llama RPG_RT.exe y ahí sí puedes sobrescribirlo tal cual explico. Lo de sobrescribir el del editor es un poco más complicado (bueno, no tanto, solo que has de mostrar las extensiones ocultas para poderlo renombrar, que expliqué también un poco más arriba).
Recuerda que en Windows no puedes sobrescribir ficheros si están ejecutándose, por lo que si tienes el juego abierto no funcionará al intentar reemplazar el RPG_RT.exe, dará un error de acceso denegado o similar.