Buenas, no conozco apenas de Wolf RPG Editor pero parece que efectivamente se trata de lo que mencionas, que la versión 2 tal vez no es Unicode y por ello tal vez no pueden convivir 2 codificaciones a la vez. Si quieres ver tildes, no puedes ver japonés, y viceversa, porque comparten la misma codificación para esos codepoints.
Por tanto, se verá mojibake hasta teminar de traducirlo por la mezcla de ambos. Parece que Translator++ permite elegir la codificación en algún lado para la v2 según este artículo y que podría solucionar el problema de las tildes. El japonés sin traducir se convertirá en un galimatías, sin embargo. Ten en cuenta que también algunos tipos de letra no tienen tildes y podrían verse cuadrados o en blanco, indicando que si fuera el caso requeriría cambiar también el tipo de letra.
https://dreamsavior.net/docs/wolf-rpg-editor-manual/translation-guide/setting-the-font-language-and-character-encoding/#2-change-the-character-encoding
A ver si sirve lo indicado ahí. Si no, vemos qué más se puede hacer. Con la experiencia con el RPG Maker 2000/2003 que tampoco es Unicode, tengo más o menos una idea de esto, por eso la opción del T++ parece ser lo que necesitas, lo de 1-byte chars podría ser el candidato a seleccionar. Lo del tipo de letra se menciona en el apartado más arriba de ese artículo.
Saludos.
