Yo te explico, verás, el autotile mide exactamente: 96 × 128 pixeles, cada 32 × 32 es un recuadro o tile.
Como puedes ver, los primeros 32 × 32 corresponden al tile solo, los 32 × 32 de la derecha del mismo, que se ubican arriba en el medio no tengo idea de para que sirven pero no te preocupes por ellos, dejalos vacíos si gustas, ya que no afectan al autotile, los 32 × 32 que se ubican arriba a la derecha corresponden a la parte del autotile que sirve como curze entre las cuatro direcciones.
Algo como eso.
El gran 96 × 96 de abajo corresponden a la forma que tomará el autotile en secuencia de un gran rectangulo, aunque según como lo hagas, puede tomar formas menos ortodoxas.
Ejemplo:
Ahora, ya que entiendes como funciona un autotile común, te explicaré como hacer un autotile animado.
Primero que nada, tienes que crear el autotile común que quieren animar, después creas los frames de la animación que quieres hacer (4 frames de preferencia) y finalmente, los juntas en orden en una única imagen, pero eso sí, cada autotile que forma parte de la animación debe ser puesto de derecha a izquierda y nunca hacia abajo o arriba: