Nightman Creo que hay dos posibilidades: inyectar o exportar. Si Inyectar es lento, que tiene sentido, prueba a exportar, así no debería tardar tanto.
Puedes exportar a rmtrans y tratar de aplicarlo con rpgmaker trans.
Por otra parte, configura la carpeta del proyecto para que se excluya del antivirus o desactiva temporalmente el antivirus mientras inyectas, ya que estaría modificando muchos ficheros pequeños y este tipo de actividad puede ser sumamente lenta por esta razón.