La cuestion no es cual programa utilizar, sino que RESPETES el orden y colocacion de los tiles.
Puedes abrir cualquier Tileset de RPGmaker, y veras que estan colocadas de forma organizada cada 48×48 pixels.
Segun en tus imagenes, NO estan colocados en orden, y no respetan el tamaño de los tiles, abre uno y comparalo con el que estas haciendo tu, y notaras la diferencia.
Indiferentemente de cual programa vayas a usar, debes solucionar primero tu organizacion de Tiles, hasta que no lo hagas, nunca se te mostraran adecuadamente en el RPGmaker.
Recuerda que deben estar alineados en sus respectivas casillas respetando el orden, cada 48×48 piexels, es un tile, no vale colocar tu tile en la posicion 23×17 y que te aparezca luego bien. piensa! compara! actua!