Kasp19 Saludos Kasp, lo primero que recomiendo es que actualices a RPG Maker 1.6.1. Después actualiza tus plugins. Esto te ayudará a tu proyecto no solo ahora sino en el futuro. La razón está en que hay plugins que solo funcionan como debe ser con una versión mayor que la tuya. Especialmente los plugins que cambian detalles de combates y menúes.
Una vez hagas esto notaras la diferencia o descubrirás rasgos en los plugin que no estaban disponibles antes de la actualización.
Que plugins estás utilizando?
Podrias mostrar imágenes de lo que deseas lograr?
1-Quiero ocultar el personaje principal en las batallas, ya lo he logrado pero no como quiero, porque se desordena y además que quedan las otras criaturas que voy ha agregar y necesito quitarlas del menú de estados del
personaje.
Asumo que deseas lograr esto…

Yanfly posee una serie de plugins llamado party system. Este incluye extensiones. Creo que sera de gran ayuda una vez actualices.
Aquí hay una lista de plugins que puedes utilizar…
https://forums.rpgmakerweb.com/index.php?threads/pokemon-plugin-list.66836/
2-Quiero que los enemigos se vean y batallen igual que los actores, además de que quiero que puedan evolucionar así como los enemigos se trasforman quiero que los actores también lo hagan.
Hay varias formas de lograr esto. La que me viene a la mente es…
0) Crear el skill de transformación y asegurarse que el alcance del efecto sea dirigido hacia el usuario y no a aliados o enemigos.
1) Crear un evento común que cambia las imágenes de la criatura.
2) Unir ese evento comun a el skill.
3) Crear un estado que incremente los valores (stats) de la criatura evolucionada. Y que este estado termine al final de cada batalla.
4) Unir el estado a el skill.
5) Crear un un skill que haga lo opuesto. Que “devolucione” a la criatura transformada . Por ejemplo: Power Down.
6) Crea un evento común que cambie la imagen de la criatura y lo unes a el skill power down.
Aqui viene lo tedioso…
En cada mapa, crearás un evento paralelo y añadirás el evento común que “detransforma” o le cambia la imagen a cada criatura que tengas. Pikachu tiene su evento común, Mewt su propio evento comun etc, etc, etc.
3-Me gustaría saber si hay una forma de bloquear mis personajes o criaturas para que solo se puedan desbloquear mediante una cantidad de fragmentos.
Este punto fue algo difícil de entender. Necesitamos imágenes de lo que deseas lograr para poder ayudarte. Asume que no sabemos nada de pokemon.
Five Gracias por la ayudis!!!!!!!!!!!! 😄
P.S. Antes de que comiences a desarrollar ten en mente que un fangame de pokemon es muy difícil de hacer y mantener. Por lo general, un fangame tiende a ser permitido en la internet siempre y cuando se gratis. No asi con pokemon, los dueños de esta franquicia son conocidos por cancelar fangames de pokemon el mismo dia que son lanzados. Es por eso que es raro ver fangames de pokemon versus fangames de dragonball etc. Pero nada, buena suerte con el proyecto!!!!! 😃