Lo mejor es que pruebes ambos y te decidas por uno.
No he usado MZ, es más nuevo.
Los requisitos son más altos, quizá no, lo que son características infladas.
Hay muchos scripts para MV, ni idea sobre si valen tal cual en MZ.
Al final la versión que prefieras es algo personal, no es que cada Rpg Maker lleve todas las funcionalidades de los anteriores y sean mejores los nuevos.
Van quitando y agregando cosas