No suena mal la historia, me recuerda a una mezcla de los Star ocean, que siempre pasa algo para acabar en un planeta donde no deberían ir, (según la federación galáctica XD) y la de Tales of Eternia, que hay una chica que se estrella con una nave en Inferia pero es del mundo de arriba, Celestia pero no hay doble forma de avanzar, claro.
Es algo que suelen dejar de lado muchas veces, es más sencillo llevar a un personaje y tirar de historia lineal que ir cambiando de bandos, perspectiva y zonas de juego. No es difícil de hacer pero sí organizarse.
Si vas a usar un rpg maker moderno (Y a veces ni eso) lo recomendable es poder usar lo que se suele llamar Parallax mapping, en vez de usar tiles por capas, con un programa de dibujo haces el escenario entero, sin limitaciones, luego desde el juego se agregan los dibujos de todo el escenario con luces, sombras y demás. La parte de tileset se puede dejar para gráficos sobre el personaje o para bloquear el paso.
Los mejores gráficos que vas a ver en Rpg maker son usando esa forma de dibujar, aunque ocupe más espacio cada mapa como imagen. En Rpg maker vx ace creo que hay que usar un script para fijarlos, no sé como va en los que sean más modernos.