Te recomiendo que leas Esto para que comprendas mejor las diferencias en cada versión.
Hay muchas versiones, cada una tiene sus propias caracteristicas aunque en común el hecho de poder crear juegos con los comandos del programa, sin necesidad de saber programar. Claro que si sabes programar, desde la version RPG Maker XP puedes integrar scripts propios con el lenguaje rubi adaptado a lo que llamaron RGSS, y dura desde RPG Maker XP hasta VX donde utilizan versiones más actualizada del lenguaje, aunque sé que en XP puede también actualizarse.
Aunque cada versión del programa, es casi como un programa diferente con lo que comento que tienen en común, hay algunas versiones que sí son algo así como una mejora de otro, por ejemplo VX Ace es como un update del VX, algo parecido pasaba con RPG Maker 2000 y 2003.
Todo es una cuestión de gustos, si sabes programar tienes 3 versiones que utilizan lenguajes de programación, el último RPG Maker usa javascript, por lo que desecharon lo de XP y VX que era con rubi, no sé si hay un conversor de scripts para compatibilizar.
Si no quieres programar, te sirve cualquier version por el común que tienen de hacer juegos sin ser un erudito de la programación.
Si quieres más detalle gráfico, escoge desde RPG Maker XP y si quieres algo más de estetica SNES / GBA, elige RPG Maker 2000 / 2003, que además lo que hicieses en esas versiones podrías actualizarlo a EasyRPG (un clon libre y multiplataforma de RPG Maker 2000 y 2003).
Es mucha historia para un solo post, espero que más o menos te ayude a ver mejor las opciones.