En los mapas poniendo que se vea la capa de eventos. Haces dobleclick y pones al digimon.
Eso es un evento. Pones a la izquierda como quieres que se active, al tocar al héroe, pulsar botón. Etc.
Dentro pones proceso de batalla y eliges el enemigo. Eso se pone en la base de datos. Monsters - y Group
Depende del rpg maker y el idioma pero en general es parecido.