¿Estás aplicando la animación sobre el personaje? Es la única razón que se me ocurre para que suceda lo que dices, que quede la animación reproduciéndose aún tras cambiar de mapa. Las animaciones desaparecen al borrarse los eventos, o al menos así debería ser puesto que las animaciones siempre usan un RPG::Sprite como referencia, cosa que se destruye al cambiar de mapa. El personaje podría quedar con la animación, supongo, ya que los datos quedan guardados, y talvez se reproduzca de nuevo (?).
Lo otro sería que estés reproduciendo la animación una y otra vez usando un evento paralelo en los eventos comunes, para lo cual bastaría entonces con desactivar dicho evento.
Y... eso es todo lo que se me ocurre por ahora. C: ¡Suerte!