Los seguidores no chocan con tu personaje, pero sí chocan con eventos. Esto supongo está hecho así para que los NPCs no los anden traspasando. Pero como en tu ejemplo, en puzzles con cosas moviéndose y tal no queda bien xD.
Yo opino que no todos los juegos tienen que tener esas cosas activadas. En mi juego por ejemplo, no es del MV pero en fin el tren de charas es tema viejo, nunca puse tren de charas por complicaciones como esa.
Pero una solución sencilla, sería por ejemplo hacer la piedra rodante traspasable, y que se mueva por una ruta específica. Y que pase algo al chocar con el héroe. Así no debería parar al chocar con los compañeros.
Salut!