Bienvenido al mundillo del maker. Como no sé quién eres xD, imaginaré que eres nuevo. Si ya sabes algo de lo que diré, no lo tomes personal (?), explico todo desde el comienzo.
En RPG Maker MV, por defecto sólo los personajes pueden tener animación en el modo de batalla lateral. Con comandos y opciones en la base de datos no hay nada para animar enemigos.
¡Pero! (?) Existen los plugins, que sería la versión del MV de cambios por medio de código. Son scripts escritos en JavaScript, y los añades a tu juego como archivos en la carpeta js/plugins del juego.
Y bueno, una de las cosas que puedes hacer con plugins, es animar enemigos :D!.
Para cubrir todo, este es un tutorial sobre instalar plugins, no lo he visto entero pero es algo sencillo entonces debería estar bien.
Y este es un plugin que encontré buscando en Google.
https://forums.rpgmakerweb.com/index.php?threads/animated-enemies.47991/
Lee un poco el tema, deberían haber instrucciones y tal por ahí (está en inglés pero bueno). La descarga es la que dice "Latest Release (1.16a) - Here", le das click derecho al "Here", y le das Guardar como...
Suerte y ánimos con el proyecto. Salut!
EDIT: vegetamaker me pasó este también, me había olvidado que el Llanflái tenía uno xD.
http://yanfly.moe/2015/12/13/yep-44-animated-sideview-enemies/