Mi caso es parecido al de @Leddaq_Pony . He empezado muchas cosas, pero pocas las he terminado por uno u otro motivo.
Lo importante es no perder el norte. Puesto que en nuestro caso como "makeros" estamos asumiendo mucho trabajo que, incluso en compañías pequeñas, tienen distribuido.
Para el proyecto que estoy haciendo lo primero que hice fue esbozar la historia, al menos hasta cierto punto. Luego empezó la tormenta de ideas. Esto puede quedar bien, esto es divertido pero es inviable y cosas así.
El siguiente paso es estudiar donde te viene mejor hacerlo. Una compañía se plantearía si hacerlo en una u otra plataforma (por poner ejemplos Unity o Unreal), pero en nuestro caso sería qué "Rpg maker" usar. Para ello se debe estudiar los pros y los contras de cada uno.
Yo por ejemplo acabé eligiendo el MV porque me ayudaría a practicar javascript. Pero lo que dijo @gadesx tiene muchísimo sentido.
Una vez sabes por donde empezar toca pues eso, empezar. En mi opinión deberías empezar por la historia y esbozar lo que serán los combates si los hubiera.
Una vez llegues a ese punto de la historia es un buen momento de mirar atrás y ver si lo que has hecho se ajusta a lo que quieres o no y en caso de que no es hora de cambiarlo (imagina que ahora has pensado en añadirle un sonido cada vez que aparece un mensaje, es mejor hacerlo antes que después).
Y una vez llegues a ese punto, que no es poco, deberás organizarte. Un día para avanzar la historia, otro para corregir bugs, etc.
Al menos es así como lo estoy haciendo yo ahora mismo, más o menos.