Puesto que me ha llevado un rato trastear y gracias al amigo orochii por darme consejos, dejo constancia de esto y de cómo se tiene que colocar.

En realidad no son muchos pasos, pero como es caótico, voy directo al grano.

--Base de Datos (Database)
- Pantalla de Batalla (Battle Screen), a la derecha le damos a elegir el personaje que queramos
- Aquí hay varios comandos, en mi juego personalmente había dos que eran lo mismo,
Técnicas y Magias. Bien, Magias hay que ponerlo como "Técnica subdivisión" (Skill Specific) para que se considere algo aparte.
- Aumentamos el número de comandos y ponemos "Invocar" como "Técnica subdivisión" (Skill Specific) también.

--Base de Datos (Database)
- Habilidades especiales (Skills), aquí vamos a buscar dos magias,
veremos que han aparecido cosas nuevas en Clasificación (Skill Type), "Magia" e "Invocar". Ponemos una como magia y otra como invocación.
De este modo lo que pongamos en una u otra dentro del combate se irá a su respectiva sección.

Sólo queda que al personaje le pongais esas magias e invocaciones y probeis un combate.
Deberían aparecer sin problemas.


El problema que tenía era que Magia estaba puesta como Técnica, y las habilidades de Invocar también aparecian en Magias.
La clasificación Normal hace que aparezca todo en comandos de la categoría "Técnica", no "Técnica subdivisión"