No estoy familiarizado con el VX ACE, pero en lo básico los diferentes RPG MAKER son muy parecidos.
Suponiendo que no tengas ningún script que haga algo por el estilo, se me ocurre que puede pasar varias cosas:
1- Que el personaje esté en ATRAVESABLE (eso se puede cambiar ajustando las rutas de movimiento).
2- Que tengas puesto otro TIleset en ese mapa con el mismo gráfico, pero distinta configuración.
3- Que estés usando un vehículo aéreo.
4- Quizás esa parte del mapa has puesto eventos en vez de tileset que se pueda traspasar.