Saludos Gordemon:
No sirve de mucho proteger los juegos. Los empaquetadores tienen limitaciones por la abstracción que realizan, que no cubre todos los casos de uso de las aplicaciones empaquetadas. Existen problemas con RPG Maker 2000/2003 con los MP3 y los vídeos, por ejemplo. Además, existen desempaquetadores con un click, tanto para MoleBox como para Enigma Virtual Box. Están documentados en el wiki de rpgmaker.es en la sección utilidades.
Quizás solo lo quieres usar para que resulte más estético al tenerlo en un único .exe, pero si fuera por eso, quizás es mejor un zip, ya que la gente suele estar acostumbrada y Windows lo trata como una "carpeta comprimida" con un asistente cómodo para descomprimirla. Debido a la naturaleza del juego, quizás quieran esconderlo, por lo que imagino que no quieres hacer un instalador porque deja más rastro. Ten en cuenta que el juego dejaría de ser multiplataforma, es decir, si queda empaquetado no se podría extraer ni llevarlo a otros sistemas como macOS, Linux, Android o navegadores web. Cada vez más gente consume este tipo de proyectos desde teléfonos.
Si quieres, inténtalo con Enigma Virtual Box, que es una alternativa similar a MoleBox y quizás no tiene las mismas limitaciones. Cabe advertir que el consumo de RAM, que ya es elevado con MV, será todavía mayor que abrirlo sin empaquetar. También cualquier persona realmente interesada conseguirá desempaquetarlo fácilmente. Saludos.