Hola, no sé si el programa tiene un lugar para configurar la codificación (encoding). RPG Maker XP en adelante usan UTF-8 y no debería haber problema.
Pero si estás traduciendo un juego de RPG Maker 2000/2003 no soporta Unicode y habría que ver dónde se puede configurar para que la conversión de Unicode sea a CP1252 (occidental). Cabe mencionar que si el juego usa un RPG_RT.exe original japonés tendrás problemas.
Si no es un juego de RPG Maker 2000/2003 y usa un tipo de letra personalizado (archivo .ttf) podría ser que no tuviera todos los caracteres y hubiera que reemplazarla.
Así pues, ¿qué versión de RPG Maker es ese juego y desde qué idioma lo estás traduciendo?