vale, al final he conseguido solucionar el problema del error, me recomendaron mirar en otros dispositivos a ver si ocurria tambien el error, y en ningun otro dispositivo (movil y otros ordenadores) ocurria nada. Solo se veia una carpeta, en lugar de dos, como me ocurria antes. Al final decidi optar por desinstalar el OneDrive del ordenador y volver a instalarlo desde la tienda microsoft ya que es gratuito. Desde entonces no ha vuelto a dar ningun problema.
En cuanto al segundo problema, algunos juegos ahora si funcionan tras instalar los distintos rtps, pero otros como the which`s house siguen sin funcionar, empiezo a pensar que debe ser la version de algunos juegos que ya no funcionan, probare a volver a bajarlos desde otro lugar a ver que pasa.