La mayoría de cosas de un RPG se pueden hacer sin plugins, solo hay que trastear el programa.
Mucha gente empieza a usar Rpg maker y cree que hay que usar un plugin para todo, y ya tiene montones de cosas hechas para que no haya que programar realmente.
Sobre tus preguntas
1- Hay un tal moghunter que hace scripts y plugins para añadir mas funciones a los juegos, ya depende del estilo de juego que quieras hacer
https://atelierrgss.wordpress.com/author/mogslayer/
2- Se pueden editar graficos con photoshop, y lo mejor suele ser usar formato png y luego importar la imagen desde el rpg maker mv, por el tema del color transparente.
3- En el MV no se seguro, pero en los anteriores, dentro del evento poniendo Condiciones de inicio, direccion de héroe, arriba, así solo se muestra el mensaje si el personaje mira arriba.