No tengo ni la más remota idea de como estas agregando los "arboles", pero te digo que aunque el RPG Maker es facil, no esperes que te lea la mente y sepa identificar un arbol de un carro y asi.
Posiblemente modificaste el tileset con el que pintas los mapas y por eso los hizo "transpasables", lo que debes hacer es modificar las pasabilidades desde la base de datos.
Y no comprendo para nada lo de "solo pueda caminar por algun lugar seleccionado por el creador"... me imagino quieres que el personaje camine por un puente de una sola linea, pero por algun motivo el jugador puede elegir salirse del puente y "volar" libremente, asi que no esta caminando por el puente, y es lo mismo, las pasabilidades que no tienes bien puestas.
El maker no es dificil, solo es cosa de que lo explores y veas que hace que cosa y si hechas a perder todo porque eres novato, evidentemente lo vas a estropear, asi que vas a tener que empezar uno nuevo constantemente, porque ese es el proceso de aprendizaje si no optas por ver un listado de como 20 o más videotutoriales para aprender a usar el programa.