Cuando se cambian los tilesets y aun así todo es atravesable o nada lo es, es normalmente por una cosa,
hay un tile de los superiores invisible que tiene marcado el 0 de pasable, y ese tiene
más prioridad que los de abajo, así que atraviesas todo.
Yo lo que hago es en los tiles vacios poner colores, así sé qué hay puesto en esos tiles y no pongo nada que no deba.
